Евангелическая калимантанская церковь является одной из самых крупных обителей протестантизма в Малайзии. Основана она была, согласно официальным источникам, середину девятнадцатого века, поскольку именно тогда произошла высадка самых первых протестантов на Калимантан. Племена, которые обитали на острове, оказались довольно восприимчивыми к новой религии, принятие которой им проповедовали. Необходимо заметить, что из всех протестантских миссионеров самыми успешными оказались те, которые прибыли из Германии. Однако, нужно сказать, что не обошлось здесь и без конфликтов, которые в некоторых случаях приводили к кровопролитию. Такое, необходимо заметить, было в истории проповедования любой религии. Что касается конфликта калимантанских племен с миссионерами, которые проповедовали протестантизм, то причиной было не неприятие собственно религии, а противодействие политике нидерлдандского правительства, которое в то время владело островом. Последнее, к слову сказать, сразу же наложило строжайший запрет на все проповеди после того, как вновь восстановило власть над Калимантаном.
Через некоторое время миссионеры, прибывшие из Германии, были вынуждены прекратить проповеди потому, что оставаться на острове больше не могли в силу бедственного финансового положения. Протестантизм продолжили проповедовать миссионеры, которые прибыли на остров из Швейцарии. Необходимо заметить, что именно во времена их работы была организована официальная евангелическая церковь Калимантана. Помимо этого, были созданы все необходимые дополнительные организации вроде школ. Примерно через столетие после своего возникновения евангелическая калимантанская церковь получила уже почти двадцать тысяч сподвижников.
Несколько ослабла деятельность протестантской миссии после начала Второй мировой, поскольку после того, как началась оккупация, все поголовно выходцы из Германии, которые в тот момент находились в Индонезии, были арестованы. Ситуация еще более ухудшилась после того, как в Калимантане стали властвовать японцы, которые не брезговали и убийствами. Только к началу пятидесятых ситуация с данной церковью стабилизировалась.